菌落儀暗箱腔體長期放置瓊脂平板，殘留水汽、培養基揮發物容易滋生霉菌、雜菌，同行多數設備無內置紫外消殺配置，腔體內部容易形成生物污染，持續污染后續檢測平板，造成檢測結果假陽性；部分設備箱體密封做工粗糙，灰塵進入鏡頭表面，造成成像模糊，需要頻繁拆機清潔鏡頭，維護工作量大。進口菌落分析儀購置成本高昂，后期原廠維修、配件更換費用昂貴，中小型食品廠、地方疾控、院校實驗室采購壓力大；普通國產低價儀器相機、光源元器件品質較差，連續高負荷運行易出現光強衰減、相機成像失真，整機使用壽命短，綜合使用成本并不經濟。